Как вариант,можно через ssh все тоже самое делать что и через ftp, попробуй filezilla.
У меня на опенпли проблем нет с внутренним Harddisk , посмотри в fstab ,может у тебя он не прописан
По каналам, попробуй заново пересканировать, а не закинуть через dreamboxedit